Собственно вот.. Объяснять для чего это не буду, кому надо тот поймет.
И так ставим etckeeper из репов..
wall:~# apt-get install etckeeper
Далее все просто..
wall:~# cd /etc/
wall:/etc# etckeeper init
Initialized empty Git repository in /etc/.git/
wall:/etc#etckeeper commit 'Init Сommit'
wall:/etc# git gc
Counting objects: 1476, done.
Compressing objects: 100% (1068/1068), done.
Writing objects: 100% (1476/1476), done.
Total 1476 (delta 91), reused 0 (delta 0)
wall:/etc# etckeeper init
Initialized empty Git repository in /etc/.git/
wall:/etc#etckeeper commit 'Init Сommit'
wall:/etc# git gc
Counting objects: 1476, done.
Compressing objects: 100% (1068/1068), done.
Writing objects: 100% (1476/1476), done.
Total 1476 (delta 91), reused 0 (delta 0)
Далее нам надо сделать так чтобы файлы конфигураций вновь установленных программ автоматом попадали в репозиторий.
Для этого надо разкомментировать строку AVOID_COMMIT_BEFORE_INSTALL=1 в файле /etc/etckeeper/etckeeper.conf .
Ну и запишем изменения :
wall:/etc# git commit -a -m 'Uncomment option in etckeeper.conf'
Created commit b26ec5d: Uncomment option in etckeeper.conf
1 files changed, 1 insertions(+), 1 deletions(-)
Created commit b26ec5d: Uncomment option in etckeeper.conf
1 files changed, 1 insertions(+), 1 deletions(-)
За дополнительной информацией по работе с Gig лезем в Man.
Все! 
т.е. по сути оно нужно только для «файлы конфигураций вновь установленных программ автоматом попадали в репозиторий.»? Со всем остальным прекрасно справляется git :\
Ну вообще-то это как бы хук..